BLASTN 2.2.3 [May-13-2002]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= BA0AB036F05SP1|AL430258
(907 letters)
Database: Klactis 3X assemblage 11/02
1807 sequences; 10,358,551 total letters
Searching....done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
3x_Contig1805 1749 0.0
3x_Contig577 850 0.0
3x_Contig30 147 4e-35
>3x_Contig1805
Length = 19369
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Identities = 903/909 (99%), Gaps = 2/909 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 ctgtattctcgagagtaccgggacaaatcactacaacttattccacggaagttgtgactg 60
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Query: 121 atgacgattatgttactgaggagaccatcgtgaccactgaatacacagcgtggacaggca 180
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Query: 361 ccacttattctaccgatgtgctaactgaaaccggtgatgatggtatcgctaccgtcaaga 420
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Sbjct: 1189 ccacttattctaccgatgtgctaactgaaaccggtgatgatggtatcgctaccgtcaaga 1248
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Query: 481 caacgactgaaagcaccgaatataccagatggactggtacatataccactacttactcca 540
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Sbjct: 1309 caacgactgaaagcaccgaatataccagatggactggtacatataccactacttactcca 1368
Query: 541 ctgatatttcgactgaaactggtgatgatggcatcgctactgttaagactatctacttgg 600
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Sbjct: 1369 ctgatatttcgactgaaactggtgatgatggcatcgctactgttaagactatctacttgg 1428
Query: 601 ttcagaccccagacggctcagatgatgacgatgatgaaactaccgttaccactgaaacta 660
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Sbjct: 1429 ttcagaccccagacggctcagatgatgacgatgatgaaactaccgttaccactgaaacta 1488
Query: 661 cacaatacactggctggactggtgcttacactactacttattccactgacgtcttgactg 720
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Sbjct: 1489 cacaatacactggctggactggtgcttacactactacttattccactgacgtcttgactg 1548
Query: 721 aaaccggcgaaga-gtttatccgactatcaagactatctacttagtccaaacacctttat 779
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Sbjct: 1549 aaaccggcgaagacggttatccgactatcaagactatctacttagtccaaacacctttat 1608
Query: 780 ctttctcgaatacaacagatggcgatgatgataagacttcagatgataatggtgatgata 839
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Sbjct: 1609 ctttctcgaatacaacagatggcgatgatgataagacttcagatgataatggtgatgata 1668
Query: 840 acactactgatgatgatggcag-amcaccattgagccaccgaccacctctacagacacta 898
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Sbjct: 1669 acactactgatgatgatggcagaaccaccattgagccaccgaccacctctacagacacta 1728
Query: 899 caactgatc 907
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Sbjct: 1729 caactgatc 1737
>3x_Contig577
Length = 1642
Score = 850 bits (428), Expect = 0.0
Identities = 456/466 (97%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1 ctgtattctcgagagtaccgggacaaatcactacaacttattccacggaagttgtgactg 60
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Sbjct: 1043 ctgtattctcgagaggaccgggacagatcactacaacttattccacggaagttgtgactg 984
Query: 61 acgatggcactattccaactgttatgactatctactatgtccagatcccgtattttgatg 120
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Sbjct: 983 acgatggcaccattccaaccgttatgactatctactatgtccagatcccttattttgatg 924
Query: 121 atgacgattatgttactgaggagaccatcgtgaccactgaatacacagcgtggacaggca 180
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Sbjct: 923 atgacgattatgttactgaggagaccatcgtgaccactgaatacacagtgtggacaggca 864
Query: 181 cttatactactacgtattccactgaggttttgactctaagcggtagccctataccgactg 240
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Sbjct: 863 cttatactactacatattccactgaggttttgactctaagcggtggccctataccgactg 804
Query: 241 twaaaaccatttacaaggtgcagaccccagacacgtcagatgatggcggggatgatggca 300
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Sbjct: 803 ttaaaaccatttacaaggtgcagaccccagacacgtcagatgatggcggggatgatggca 744
Query: 301 ctgaaaccacgaccaccactgaaaccacagagtatactgtatggactggaacgtacacca 360
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Sbjct: 743 ctgaaaccacgaccaccactgaaaccacagagtatactgtatggactggaacgtacacca 684
Query: 361 ccacttattctaccgatgtgctaactgaaaccggtgatgatggtatcgctaccgtcaaga 420
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Sbjct: 683 ccacttattctaccgatgtgctatctgaaaccggtgatgatggtatcgctaccgtcaaga 624
Query: 421 cgatttacaaggtgcagactccagacggcacagatgatgatggtgg 466
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Sbjct: 623 cgatttacaaggtgcagactccagacggcacagatgatgatggtgg 578
Score = 476 bits (240), Expect = e-134
Identities = 335/366 (91%), Gaps = 11/366 (3%)
Strand = Plus / Minus
Query: 553 ctgaaactggtgatgatggcatcgctactgttaagactatctacttggttcagaccccag 612
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Sbjct: 659 ctgaaaccggtgatgatggtatcgctaccgtcaagacgatttacaaggtgcagactccag 600
Query: 613 acggctcagatgatga---------cgatgatgaaactaccgttaccactgaaactacac 663
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Sbjct: 599 acggcacagatgatgatggtggtgccgatgatgaaactaccgctaccactgaaactacac 540
Query: 664 aatacactggctggactggtgcttacactactacttattccactgacgtcttgactgaaa 723
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Sbjct: 539 aatacactggctggactggtgcttacgctactacttattccactgacgtcttgactgaaa 480
Query: 724 ccggcgaaga-gtttatccgactatcaagactatctacttagtccaaacacctttatctt 782
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Sbjct: 479 ccggcgaagacggttatccgactatcaagactatctacttagtccaaacacctttatctt 420
Query: 783 tctcgaatacaacagatggcgatgatgataagacttcagatgataatggtgatgataaca 842
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Sbjct: 419 tctcgaatacaacagatggcgatgatgataagacttcagatgataatggtgatgataaca 360
Query: 843 ctactgatgatgatggcag-amcaccattgagccaccgaccacctctacagacactacaa 901
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Sbjct: 359 ctactgatgacgaaggcagaaccacccttgagccaccaaccacctctacagacactacga 300
Query: 902 ctgatc 907
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Sbjct: 299 ctgatc 294
>3x_Contig30
Length = 1128
Score = 147 bits (74), Expect = 4e-35
Identities = 221/268 (82%), Gaps = 2/268 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 637 aaactaccgttaccactgaaactacacaatacactggctggactggtgcttacactacta 696
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Sbjct: 35 aaactacctttaccacttaaactacacaatacactttctttactttttcttacactacta 94
Query: 697 cttattccactgacgtcttgactgaaaccggcgaagagtttatccgactatcaagactat 756
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Sbjct: 95 cttattccacttacttctttacttaaaccttctaata-tttatcctactatcaatactat 153
Query: 757 ctacttagtccaaacacctttatctttctcgaatacaacagatggcgatgatgataagac 816
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Sbjct: 154 ctacttattccaaacacctttatctttctctaatacaacatatttctattattataatac 213
Query: 817 ttcagatgataatggtgatgataacactactgatgatgatggca-gamcaccattgagcc 875
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Sbjct: 214 ttcatattataatttttattataacactacttattattatttcataaccaccatttatcc 273
Query: 876 accgaccacctctacagacactacaact 903
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Sbjct: 274 acctaccacctctacatacactacaact 301
Database: Klactis 3X assemblage 11/02
Posted date: Nov 27, 2002 12:23 PM
Number of letters in database: 10,358,551
Number of sequences in database: 1807
Lambda K H
1.38 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.38 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 5672
Number of Sequences: 1807
Number of extensions: 5672
Number of successful extensions: 107
Number of sequences better than 1.0e-20: 3
length of query: 907
length of database: 10,358,551
effective HSP length: 16
effective length of query: 891
effective length of database: 10,329,639
effective search space: 9203708349
effective search space used: 9203708349
T: 0
A: 40
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.8 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 50 (99.8 bits)